FCclasses

FCclasses

  • Post by:
  • Comments off

Novità 2020: Versione 3.0

Una versione completamente nuova del codice scritta in Fortran 90 da J. Cerezo (UAM, Madrid) e F. Santoro (ICCOM-CNR, Pisa) è quasi pronta per essere rilasciata.

Può calcolare le forme vibroniche di diverse spettroscopie (OPA, EMI, ECD, CPL, MCD, TPA, TPCD, RR) e le costanti di velocità delle transizioni non adiabatiche. FCclasses 3.0 implementa diversi modelli armonici (AH, AS, ASF, VH, VG, VGF), contributi di Franck-Condon e Herzberg-Teller e formalismi sia indipendenti dal tempo (TI) che dipendenti dal tempo (TD). FCclasses 3.0 può utilizzare sia coordinate cartesiane che interne e implementa proiettori iterativi in coordinate interne per definire modelli di dimensionalità ridotta, utili per trattare molecole flessibili. Sono disponibili interfacce per diversi codici di strutture elettroniche popolari. FCclasses 3.0 è già disponibile come versione beta. Per ulteriori informazioni contattare Fabrizio Santoro.


FCclasses è un codice Fortran 77 per il calcolo di spettri elettronici di assorbimento, emissione e dicroismo circolare risolti vibrazionalmente. Implementa un metodo indipendente dal tempo (TI) descritto nel rif. 1-4.

Il metodo funziona in approssimazione armonica compreso il modo normale di miscelazione Duschinsky. Le geometrie di equilibrio, i modi normali e le loro frequenze vengono letti da file di input e possono quindi essere calcolati con qualsiasi metodo elettronico adatto. Le transizioni vibroniche sono suddivise in classi Cn, a seconda del numero “n” di modi simultaneamente eccitati nello stato finale. Per ogni classe, i codici selezionano automaticamente le transizioni vibroniche rilevanti attraverso una stima a priori della loro intensità, senza imporre limitazioni alla finestra di energia spettrale.

FCclasses include l’effetto della temperatura ed è in grado di trattare sia le transizioni di Condon (dove i dipoli di transizione sono indipendenti dalle coordinate nucleari) che le transizioni di Herzberg-Teller (dove si presume che i dipoli di transizione siano linearmente dipendenti dalle coordinate nucleari). In numerosi test il codice si è dimostrato veloce ed efficiente.

Bug corretti, marzo 2017 Sono stati corretti due bug ed è disponibile un nuovo file tgz compilando il modulo sottostante. Il primo bug riguardava le unità stampate per gli spettri di emissione e le durate di emissione che erano sbagliate. Il secondo bug ha potenzialmente influito sullo spettro contorto stampato per i calcoli della temperatura finita. Più specificamente, le cosiddette transizioni n-0 sono state calcolate correttamente e le bande degli stick stampate correttamente. Tuttavia, erroneamente non è stato incluso il loro contributo sugli spettri contorti (di solito minore, specialmente a bassa risoluzione).

Per maggiori informazioni contattare Fabrizio Santoro.

Download

Manuale ed esempi

Manuale utente

Versione per il calcolo parallelo

April M. Van Winkle e John W. Silzel della Biola University, hanno modificato il codice per eseguirlo in parallelo. Hanno gentilmente reso disponibile la loro versione del codice. Per ulteriori informazioni su questa implementazione, contattare direttamente John W. Silzel.

Riferimenti

Sviluppo del metodo

[1] F. Santoro, R. Improta, A. Lami, J. Bloino, V.Barone,
Effective method to compute Franck-Condon integrals for optical spectra of large molecules in solution
J. Chem. Phys. 126, 084509-(1/13) (2007)., ibidem J. Chem. Phys. 126, 169903 (2007).

[2] F. Santoro, FCclasses: A Fortran 77 Code; 2008.

In aggiunta

Se sono stati eseguiti calcoli a temperatura finita, dovresti citare anche:
[3] F. Santoro, R. Improta, A. Lami, V. Barone,
An effective method to compute vibrationally resolved optical spectra of large molecules at finite temperature in the gas-phase and in solution, J. Chem. Phys. 126, 184102-(1/11) (2007)

Se sono stati eseguiti calcoli che includono gli effetti di Herzberg-Teller, dovresti citare anche:
[4] F. Santoro, R. Improta, A. Lami, J. Bloino, V.Barone
Effective method for the computation of optical spectra of large molecules at finite temperature including the Duschinsky and Herzberg-Teller effect. The Qx band of porphyrin as a case study, J. Chem. Phys. 128, 224311-(1/17) (2008)

Se sono stati calcolati gli spettri ECD, dovresti citare anche:
[5] F. Santoro, V. Barone
Approccio computazionale allo studio della forma degli spettri di assorbimento e dicroismo circolare elettronico, Int. J. Quantum. Chem., DOI:10.1002/qua.22197

Categories: Software IT